Pour installer la deuxième instance il est nécessaire de lancer l'installation depuis le CD et installer la nouvelle instance du moteur de base de données (SQL Server Database Engine).

Si vous exécutez la version SQL Server Express Edition alors exécutez le programme d'installation une seconde fois et renommer la nouvelle instance avec un autre nom que l'instance par défaut : SQLExpress.

Une alternative intéressante si vous ne pouvez pas installer une deuxième instance de base de données, est d'installer une autre base de données dans l'instance existante, ce qui est faisable simplement via SQL Server Management Studio.